分子信標(biāo)技術(shù)也是在同一探針的兩末端分別標(biāo)記熒光分子和猝滅分子。通常，分子信標(biāo)探針長約25核苷酸，空間上呈莖環(huán)結(jié)構(gòu)。與TaqMan探針不同的是，分子信標(biāo)探針的5'和3'末端自身形成一個8個堿基左右的發(fā)夾結(jié)構(gòu)，此時熒光分子和猝滅分子鄰近，因此不會產(chǎn)生熒光。當(dāng)溶液中有特異模板時，該探針與模板雜交，從而使探針的發(fā)夾結(jié)構(gòu)打開，于是溶液便產(chǎn)生熒光。熒光的強度與溶液中模板的量成正比，因此可用于PCR儀的定量分析。該方法的特點是采用非熒光染料作為猝滅分子，因此熒光本底低。

　　常用的熒光猝滅分子對是5'-（2'-氨乙基氨基萘-1-磺酸）（EDANS）和4'-（4'-二甲基氨基疊氮苯）苯甲酸（DAB-CYL），采用DAB-CYL作猝滅劑是由于它對多種熒光素都有很強的猝滅效率。當(dāng)受到336nm紫外光激發(fā)時，EDANS發(fā)出波長為490nm的亮藍熒光；DAB-CYL的是非熒光分子，但其吸收光譜與EDANS的發(fā)射熒光光譜重疊。只有分子信標(biāo)時，EDANS和DAB-CYL的距離非常接近，足以發(fā)生FRET，EDANS受激發(fā)產(chǎn)生的熒光轉(zhuǎn)移給DAB-CYL并以熱的形式散發(fā)，不能檢測到熒光；相反，當(dāng)有靶核酸存在時才可檢測到熒光。

　　分子信標(biāo)技術(shù)的不足之處是：

　　雜交時探針不能*與模板結(jié)合，因此穩(wěn)定性差；

　　探針合成時標(biāo)記較復(fù)雜。分子信標(biāo)技術(shù)結(jié)合不同的熒光標(biāo)記，可用于基因多突變位點的同時分析。